Allerede i 1990 begynte Jentekorpset og Guttekorpset å samarbeide i flere sammenhenger. De to korpsene feide all motstand til side da de sammen vant Janitsjarfestivalen på Hamar i 1991. De opptrådte sammen i 17. mai toget og dro på felles korpsturer til vennskapsbyene Struer i Danmark og Berwick i England. Jobben med en sammenslåing startet for alvor da Sarpsborg Guttemusikkorps etter sitt årsmøte i  februar 1994, henvendte seg til Sarpsborg Jentekorps for å diskutere muligheten for å slå de to korpsene sammen. Jentekorpset stilte seg positive til å se på mulighetene, og en  prosjektgruppe med deltagere fra begge korpsene ble nedsatt. Med i gruppen satt ledere for de to korpsene; Lindis Enoksen (SJK), Atle Syversen (SGMK) samt Egil W. Karlsen fra korpsenes felles tilsynsnemnd. Musikkonsulent Steinar Haakenstad fra Østfold krets av NMF var også med på prosessen.    

Prosjektgruppen hadde følgende målsetninger for det nye korpset:    
•    Det er viktig å holde et høyt ambisjonsnivå/musikalsk nivå.
•    Allsidighet og dyktighet innen et så bredt spekter som mulig.
•    Korpset bør hevde seg som et av de ti beste skolekorpsene i landet.

1. august 1995 var sammenslåingen et faktum. Iver Vatvedt fortsatte som dirigent og musikalsk leder for det nye korpset, og hadde med seg Lillian Lorentzen som dirigent for aspirantkorpset. Høsten 1995 var det 55 medlemmer i hovedkorpset, 11 medlemmer i aspirantkorpset og 14 førsteårsaspiranter.

Iver ønsket å gi seg som dirigent for Jente- og Guttekorpset våren 1998. Etter en avisannonse ble ny dirigent raskt ansatt, og Jon Olsen tok over dirigentpinnen. Olsen dirigerte korpset i 2 år før han valgte å gi pinnen videre. Høsten 2000 ble Fredrik Andreassen ansatt som ny dirigent for korpset. Andreassen startet sin musikalske karriere som trombonist i Kråkerøy Skolekorps og senere i Sarpsborg Janitsjarkorps. Geir Lorentzen tok over dirigentpinnen da Andreassen gav seg i 2003, og er nå godt i gang med sitt 12. år som dirigent for korpset. Geir har sin musikalske bakgrunn fra Sandbakken Skolekorps og Sarpsborg Janitsjarkorps. Han var en ettertraktet korpsdirigent kjent for sitt pågangsmot og klare visjoner. Under hans musikalske ledelse har korpset klart å holde på sitt høye musikalske nivå, og under disse årene har korpset avlet frem en rekke fantastisk flinke solister og instrumentalister.